Napari-KICS

Demonstration: Napari-KICS

Referent: Arne Ludwig

Datum: 27. Oktober 2022, 13:00 – 14:00 Uhr

Ort: Living Lab (APB-1020), Andreas-Pfitzmann-Bau (APB), Nöthnitzer Str. 46, 01187 Dresden, Deutschland

Kennen Sie die Größe Ihrer Chromosomen: Ein Leitfaden zur karyotypbasierten Validierung von De-novo-Assemblierungen.

Schaut euch diese Anwendung auf GitHub an.

Die Genomassemblierung auf Chromosomenebene wird durch Scaffolding-Fehler beeinträchtigt und kann zu falschen Chromosomengrößen führen. Heute stellen wir Napari-KICS vor, einen halbautomatischen und kosteneffizienten Ansatz zur Überprüfung der Validität der Assemblierung durch Schätzung der relativen Chromosomengrößen anhand der jeweiligen Karyotyp-Bilder. Die Methode nutzt eine schwellenwertbasierte Bildsegmentierung und verwendet die extrahierten Chromosomenflächen als Näherungswerte für die tatsächlichen Chromosomengrößen. Die Eignung des Ansatzes wird durch eine starke Korrelation zwischen Fläche und DNA-Gehalt bestätigt, die anhand von Karyotyp-Bildern verschiedener Arten bewertet wurde, sowie durch einen Fehler von 6 Mb bei der Chromosomengröße in einem Referenzdatensatz menschlicher Karyotypen.

Hands-On-Demonstratoren-Reihe

In der Living Lab Hands-On-Demonstrator-Reihe präsentieren wir die neuesten Errungenschaften, Entdeckungen, Verbesserungen und Lehrmittel des ScaDS.AI Dresden/Leipzig Teams aus Dresden/Leipzig in den Bereichen KI, Big Data und Data Science. Der Einführungsvortrag, die Fragerunde und die praktische Übung bieten Ihnen die Gelegenheit, sich mit dem Demonstrator vertraut zu machen. Erfahren Sie mehr über unsere Hands-On-Demonstrator-Reihe!