Eine interaktive, visuelle Unterstützung von referenzbasierten Genom-Assemblierungen

Type of thesis: Bachelorarbeit / location: Leipzig / Status of thesis: Finished theses

Beim Sequenzieren von Genomen werden zunächst Teilsequenzen (reads) erzeugt. Da reads kurz sind und fehlerhaft sein können, wird ihre Assemblierung zu längeren Teilsequenzen uneindeutig, was die automatische Assemblierung erschwert. Die Bachelorarbeit, welche in diesem Vortrag vorgestellt wird, beschäftigt sich mit der interaktiven, visuellen Unterstützung dieser Aufgabe. Dem Nutzer wird es hierdurch ermöglicht, Unstimmigkeiten in der Assemblierung zu erkennen und die Zusammensetzung manuell nachträglich zu verändern. Hierzu wird eine homologe Sequenz (Sequenz mit hoher Übereinstimmung) als Referenz genutzt, um lokale Alignments zwischen den beiden Sequenzen zu generieren. Der Schwerpunkt der Bachelorarbeit liegt darin, dem Nutzer die zugrundeliegenden Daten visuell aufzubereiten und ihn bei der Zusammestellung der Sequenz zu unterstützen.

Counterpart

Daniel Gerighausen / Dirk Zeckzer

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